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Génomique et Big data: l’association IntegraGen, IGR, INSERM et Sogeti HighTech

Une nouvelle collaboration associe à la fois génomique et big data, deux orientations stratégiques pour la France: la société biotechnologique IntegraGen, basée au Genopole, annonce sa collaboration avec l’institut Gustave Roussy, l’Inserm et Sogeti High Tech pour développer un logiciel scientifique d’assistance à l’interprétation des données de séquençage génomique pour révolutionner les diagnostics en cancérologie.

Utiliser la génomique pour mieux diagnostiquer

[…], le défi majeur reste la création de logiciels, permettant de lever les problématiques de statistiques et d’analyses de données génomiques, qui fourniraient des résultats interprétables sur le plan biologique et clinique. Ce logiciel doit comporter un algorithme capable de traiter un volume très important de données.

Des téraoctets de données génomiques produits chaque jour

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L’exploitation de ces données requiert donc le développement d’infrastructures de transmission, de stockage, et d’accès à ces données. De plus, le développement de méthodes statistiques d’analyses de ces données est indispensable. Outre leur volume exceptionnel, il faut savoir que les données génomiques possèdent une caractéristique essentielle: le nombre de variables considérées (gène ou loci le long du génome par exemple) peut varier entre quelques dizaines de milliers et des centaines de millions. On dépasse ainsi généralement de plusieurs ordres de grandeurs, le nombre d’observations qui ne dépasse pas habituellement quelques centaines de variables. Enfin, de part la complexité des expériences biologiques pointues, de l’existence de différents niveaux d’information biologique (gènes, transcrits, protéines) et les interaction entre les différentes voies de signalisation, les données générées sont complexes, hétérogènes et fortement liées les unes aux autres.

Big data et génomique : l’association IntegraGen, l’IGR, l’INSERM et Sogeti HighTech

Les ténors de la génomique (IntegraGen), de la recherche contre le cancer (INSERM, IGR) et les big data (Sogeti High Tech) annoncent aujourd’hui le lancement du projet ICE (Interpretation of Clinical Exome) destiné à développer un logiciel scientifique d’assistance à l’interprétation des données de séquençage génomique. L’objectif est d’optimiser le diagnostic des patients atteints de maladies très graves afin de définir des traitements plus ciblés et mieux adaptés.

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